В конце 18 века возникла необходимость в строительстве более просторного каменного храма, так как количество прихожан росло. И в первом десятилетии 19 века началось возведение новой церкви, вскоре однако вынужденно прерванное охватившими эти края событиями Отечественной войны 1812г. Французы не обошли стороной это необычайно живописное место с расположенной в нем церковью и сожгли село дотла, в огне погибла его старая деревянная церковь, в огне сгорел и архив церковного прихода. Строительство новой каменной церкви так и не было завершено. В 1836 году недостроенное здание было разобрано, а кирпич пошел на обновление трапезной в старой каменной церкви, построенной в 1679г., где обустроили тёплый придел Иоанна Богослова, и также использовался для строительства колокольни. К 1846 году было закончено строительство колокольни, на которую подольский мещанин Никита Сергеев пожертвовал новый колокол весом в 99 пудов. В 1861г. возникла необходимость перестройки уже возведённой колокольни. Это было вызвано размещением на ней нового колокола, ещё более тяжёлого, чем первоначальный, весом в 199 пудов.
Немало способствовал активному обновлению церкви назначенный туда в это время настоятелем весьма деятельный священник Матфей Яковлевич Селунский. Отец Матфей совестно с прихожанами храма подал прошение о строительстве новой колокольни. Реконструкцию благословили, однако при этом поставили условие, что возведение новых верхних ярусов колокольни должно происходить без перестройки старого нижнего. Это объясняет тот факт, что в итоге новую колокольню построили шатровой и трёхъярусной. Колокольня, тем самым стала самой древней частью храма, дошедшего до наших дней.
В марте 1864г. настоятель о.Матфей и прихожане вновь ходатайствуют перед митрополитом Московским Филаретом (Дроздовым), испрашивая благословение разобрать старый маленький храм и построить большой новый, мотивируя эту необходимость значительным прибавлением числа прихожан. Главными благотворителями, щедро жертвовавшими на новый храм, стали уже упомянутый мещанин Никита Сергеев, а также местный помещик Андрей Владимирович Кареев. Летом 1864г. началась активная работа, были разобраны центральный алтарь и стены летнего храма. Возведение нового каменного храма в стиле эклектика, с одним куполом в виде массивной ротонды, было закончено за 12 лет. В 1876г. храм был построен и освящен.

Волна последовавших за Октябрьским переворотом 1917г. трагических событий в истории Русской Православной Церкви коснулась и Белоусовской церкви. 17 февраля 1938г. на Бутовском полигоне был расстрелян настоятель храма священник Николай Ильич Любимов, из семьи потомственных местных священнослужителей. Тем не менее, Промыслом Божиим в церкви продолжались богослужения. Некогда большое и богатое село начало приходить в упадок. В годы Великой Отечественной Войны в Белоусове размещалась зенитная часть, но боев близ села не было.
Скупая постсоветская история все же свидетельствует о закрытии храма в 1953г., гораздо позже всех окрестных церквей. Некоторое время помещение использовалось под лесопилку, затем было совсем заброшено. Были утрачены глава храма и все кровли, своды трапезной, убранство интерьеров, полы, иконостасы, с фасадов осыпалась штукатурка. В 1960-х годах в связи с предполагаемым устройством на месте Белоусова и ближайших селений водохранилища, большая часть местных жителей была выселена. Село окончательно обезлюдело.
Длительное время здание храма стояло заброшенным и никому фактически не принадлежало. В 1995г. находящаяся в аварийном состоянии церковь была возвращена верующим для проведения богослужений. Были проведены противоаварийные работы. Стали совершаться богослужения по воскресным дням и двунадесятым праздникам. В 2002г. храму был присвоен статус "Объекта культурного наследия регионального значения". В 2007г. в храме начались масштабные ремонтно-восстановительные работы. В период с 2007 по 2015 годы попечением благотворителей и прихожан храм был полностью восстановлен: заменены фундаменты храма, сделаны новые кровли, вставлены окна, уложены мраморные полы, оштукатурены внешние фасады и внутренние интерьеры, проведена художественная роспись храма, на колокольне и центральном куполе установлены кресты, устроена новая звонница, полностью благоустроена и озеленена храмовая территория. На территории храма построен дом причта, в котором размещается библиотека и воскресная школа.